Es tracta dels dibuixos corresponents a les figures al·legòriques de la bondat i la pau, pintades al fresc com a estàtues fingides i tocades d'or, les quals, junt amb les de la caritat, la longanimitat, la benignitat, la fe, la consciència, el goig, la paciència, la mansuetud, la modèstia i la castedat, formen el conjunt dels dotze fruits de l'Esperit Sant que es disposen a la base de la volta als espais intermedis entre les llunetes; sobre estes, asseguts en un tron de núvols, es distribuïxen les figures dels apòstols. En la pintura de la nau va desenrotllar la descripció de la Jerusalem celestial a partir del relat de l'Apocalipsi de sant Joan (22, 1-3) i del text de sant Mateu (19, 28), en relació amb les figures dels dotze apòstols i la seua correspondència amb els fruits de l'Esperit Sant i amb els fills de Jacob o les tribus d'Israel, les efígies escultòriques dels quals, realitzades pel milanés Jacopo Bertessi, adornen els pilars de l'església.

La decoració pictòrica de l'església per Palomino, pintor de cambra de Carles II, es va iniciar el 1699 i va estar acabada amb motiu de la festivitat de Sant Joan Baptista del 1701. Palomino va començar a treballar a la volta del presbiteri, on va desenrotllar per mitjà d'un complex programa iconogràfic l'apoteosi de l'Església entorn de l'adoració del corder Místic, en la qual adquirixen un paper protagonista sant Joan Baptista i sant Joan Evangelista com a sants tutelars de l'església.